Depuis plus de 75 ans, les bactéries comme Escherichia coli, les salmonelles ou les vibrions sont détectées, étudiées et classées à l’Institut Pasteur. Cet historique permet à l’Institut de posséder une des plus grandes collections de bactéries au monde avec plusieurs centaines de milliers de souches.
Avec les techniques actuelles de séquençage génétique, près de 10.000 bactéries sont séquencées chaque année par l’unité Bactéries pathogènes entériques, qui héberge le Centre national de référence (CNR) des Escherichia coli, Shigella et Salmonella et le CNR des vibrions et du choléra.
Le séquençage permet de détecter rapidement des patients infectés par une même souche bactérienne, évoquant ainsi la présence possible d’un aliment contaminé sur le marché qu’il va falloir rapidement identifier avant de pouvoir le faire retirer.
L’accès à ces données génétiques permet également d’identifier de nouvelles souches résistantes aux antibiotiques ou encore de mieux comprendre la diffusion de certaines souches sur le plan international de façon à enrayer la propagation de futures épidémies.
Depuis vingt ans, François-Xavier Weill est à la tête de cette équipe de chercheurs et techniciens, avec des approches et techniques semblables à celles des enquêteurs ou des archéologues. La France est ainsi un des premiers pays européens à avoir intégré un séquençage systématique des bactéries pathogènes, et ce dès 2017.
« Ce n’est pas si simple car d’abord une bactérie comme E. coli possède environ 5 millions de bases d’ADN. Il faut pouvoir lire ces « lettres » et reconstituer ensuite l’ensemble de la séquence d’ADN de la bactérie. Cela nécessite une puissance dans les équipements de séquençage mais aussi des outils informatiques pour l’analyse, les comparaisons et le stockage » explique François-Xavier Weill.
Et de poursuivre : « ensuite, pour pouvoir continuer à comparer et à s’inscrire dans tout ce qui a déjà été fait, il faut s’assurer que ces nouveaux outils soient « compatibles » avec les anciennes méthodes classiques de laboratoire »,
Les CNR à l’Institut Pasteur collaborent entre eux et peuvent soutenir si besoin des centres d’autres pays européens, ainsi que l’OMS au niveau international. La coopération est essentielle pour faire face aux épidémies et à la diversité des bactéries.
L’unité Bactéries pathogènes entériques est ainsi Centre collaborateur de l’OMS pour les salmonelles et, à ce titre, elle est en charge au niveau mondial de la confirmation des nouveaux types de cette bactérie (plus de 2.700 décrits à l’heure actuelle avec une vingtaine de nouveaux types identifiés chaque année), de les nommer puis de les décrire de façon à ce que tous les laboratoires mondiaux puissent les identifier.
Les chercheurs de cette unité ont une double casquette en santé publique avec le CNR et en recherche. Les deux facettes se nourrissant l’une de l’autre. Il y a dix ans cette technique n’aurait pas pu être utilisée pour la surveillance des infections alimentaires aussi rapidement.
Ces interactions et cette multidisciplinarité sont la signature de l’Institut Pasteur. « C’est une maison extraordinaire, il y a tout : la recherche, la santé publique, le fondamental, l’appliqué, l’enseignement, le Pasteur Network… », s’enthousiasme le chercheur.
Enfant, ses parents passaient rue du Dr Roux en lui désignant avec respect l’Institut Pasteur. Jeune médecin hospitalo-universitaire, il suit le cours de mycologie de l’Institut Pasteur. Déjà attiré par ce lieu prestigieux, dès que l’occasion se présente, il rejoint les équipes.
Aujourd’hui, François-Xavier Weill continue sans relâche à traquer et suivre l’évolution des pathogènes, à alerter sur un groupement de cas qui peut faire penser à une intoxication alimentaire. Son équipe est l’un des maillons indispensables à la sécurité alimentaire et à la surveillance de la santé des Français.
Avec les techniques actuelles de séquençage génétique, près de 10.000 bactéries sont séquencées chaque année par l’unité Bactéries pathogènes entériques, qui héberge le Centre national de référence (CNR) des Escherichia coli, Shigella et Salmonella et le CNR des vibrions et du choléra.
Le séquençage permet de détecter rapidement des patients infectés par une même souche bactérienne, évoquant ainsi la présence possible d’un aliment contaminé sur le marché qu’il va falloir rapidement identifier avant de pouvoir le faire retirer.
L’accès à ces données génétiques permet également d’identifier de nouvelles souches résistantes aux antibiotiques ou encore de mieux comprendre la diffusion de certaines souches sur le plan international de façon à enrayer la propagation de futures épidémies.
Depuis vingt ans, François-Xavier Weill est à la tête de cette équipe de chercheurs et techniciens, avec des approches et techniques semblables à celles des enquêteurs ou des archéologues. La France est ainsi un des premiers pays européens à avoir intégré un séquençage systématique des bactéries pathogènes, et ce dès 2017.
« Ce n’est pas si simple car d’abord une bactérie comme E. coli possède environ 5 millions de bases d’ADN. Il faut pouvoir lire ces « lettres » et reconstituer ensuite l’ensemble de la séquence d’ADN de la bactérie. Cela nécessite une puissance dans les équipements de séquençage mais aussi des outils informatiques pour l’analyse, les comparaisons et le stockage » explique François-Xavier Weill.
Et de poursuivre : « ensuite, pour pouvoir continuer à comparer et à s’inscrire dans tout ce qui a déjà été fait, il faut s’assurer que ces nouveaux outils soient « compatibles » avec les anciennes méthodes classiques de laboratoire »,
Les CNR à l’Institut Pasteur collaborent entre eux et peuvent soutenir si besoin des centres d’autres pays européens, ainsi que l’OMS au niveau international. La coopération est essentielle pour faire face aux épidémies et à la diversité des bactéries.
L’unité Bactéries pathogènes entériques est ainsi Centre collaborateur de l’OMS pour les salmonelles et, à ce titre, elle est en charge au niveau mondial de la confirmation des nouveaux types de cette bactérie (plus de 2.700 décrits à l’heure actuelle avec une vingtaine de nouveaux types identifiés chaque année), de les nommer puis de les décrire de façon à ce que tous les laboratoires mondiaux puissent les identifier.
Les chercheurs de cette unité ont une double casquette en santé publique avec le CNR et en recherche. Les deux facettes se nourrissant l’une de l’autre. Il y a dix ans cette technique n’aurait pas pu être utilisée pour la surveillance des infections alimentaires aussi rapidement.
Ces interactions et cette multidisciplinarité sont la signature de l’Institut Pasteur. « C’est une maison extraordinaire, il y a tout : la recherche, la santé publique, le fondamental, l’appliqué, l’enseignement, le Pasteur Network… », s’enthousiasme le chercheur.
Enfant, ses parents passaient rue du Dr Roux en lui désignant avec respect l’Institut Pasteur. Jeune médecin hospitalo-universitaire, il suit le cours de mycologie de l’Institut Pasteur. Déjà attiré par ce lieu prestigieux, dès que l’occasion se présente, il rejoint les équipes.
Aujourd’hui, François-Xavier Weill continue sans relâche à traquer et suivre l’évolution des pathogènes, à alerter sur un groupement de cas qui peut faire penser à une intoxication alimentaire. Son équipe est l’un des maillons indispensables à la sécurité alimentaire et à la surveillance de la santé des Français.
Le Pasteurdon est à la fois une opération de collecte de dons et une occasion de partager les avancées scientifiques et médicales de l’année écoulée.
Cette recherche est réalisée par 143 entités de recherche qui rassemblent des chercheurs, ingénieurs, techniciens et administratifs de 77 nationalités.
Ces fonds, indispensables au fonctionnement de l’Institut, permettent d’apporter les ressources nécessaires à toutes ces équipes pour conduire leurs travaux et développer les technologies de pointe dans différents domaines prioritaires : maladies infectieuses émergentes ; maladie de la connectivité cérébrale et neurodégénératives ; résistance aux agents antimicrobiens, cancers, vaccinologie ou encore, intelligence artificielle.
Ces différentes thématiques sont explorées en parallèle pour répondre aux besoins de santé publique en France et dans le monde, et s’inscrivent dans le plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.
Cette recherche est réalisée par 143 entités de recherche qui rassemblent des chercheurs, ingénieurs, techniciens et administratifs de 77 nationalités.
Ces fonds, indispensables au fonctionnement de l’Institut, permettent d’apporter les ressources nécessaires à toutes ces équipes pour conduire leurs travaux et développer les technologies de pointe dans différents domaines prioritaires : maladies infectieuses émergentes ; maladie de la connectivité cérébrale et neurodégénératives ; résistance aux agents antimicrobiens, cancers, vaccinologie ou encore, intelligence artificielle.
Ces différentes thématiques sont explorées en parallèle pour répondre aux besoins de santé publique en France et dans le monde, et s’inscrivent dans le plan stratégique 2019-2023 de l’Institut Pasteur.
