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Article publié le 02/05/2019 à 01:00 | Lu 1415 fois

Microbiote et allergies alimentaires par le Dr Carine Larue-Billard (Meaux)

Le microbiote humain correspond à l’ensemble des microorganismes qui colonisent notre corps : bactéries, mais également virus, moisissures et levures. Le microbiote intestinal, de loin le plus important de l’organisme, anciennement appelé flore intestinale, est un véritable « petit peuple » qui habite nos intestins.


Il est composé de 100 000 milliards de micro-organismes (au moins 500 espèces différentes), aux noms barbares, avec lesquels nous partageons notre vie. Seul 1% des bactéries est dit pathogène, c’est à dire qu'elles sont dangereuses, capables d’entraîner des infections ; nous vivons avec le reste d’entre elles en symbiose.
 
L’allergie alimentaire est en constante augmentation dans les pays industrialisés même si sa prévalence exacte est difficile à estimer. Prenant de multiples facettes, elle est caractérisée par une réponse anormale du système immunitaire à un aliment considéré par celui-ci comme un allergène. Dans sa forme la plus grave, elle conduit à des symptômes d’anaphylaxie qui touchent plusieurs organes et peut menacer la vie.
 
Acquisition et évolution du microbiote
Le microbiote se constitue de façon progressive au cours de la vie, mais il gardera toujours une empreinte de son profil précoce de la petite enfance. Ainsi le tube digestif du nouveau-né, vierge de tout germe, est rapidement colonisé par un microbiote simple provenant des bactéries vaginales et fécales de la mère.
 
L’allaitement apportera également des bactéries favorables telles que les Bifidobactéries. La composition du microbiote va ensuite évoluer progressivement sous l’influence de nombreux facteurs (diététiques, environnementaux) pour acquérir une composition et une diversité « adulte » à partir de l’âge de deux ans, majoritairement composé de Firmicutes et Bacteroidetes.
 
La composition en microorganismes est ensuite spécifique de chaque individu, il y a une véritable « signature » du microbiote à l’âge adulte. Tout se joue dans les premiers mois de vie, et la composition du jeune microbiote est primordiale pour le futur avec un impact essentiel sur l’évolution vers la symbiose ou non.
 
Les fonctions du microbiote intestinal
Il existe une relation harmonieuse entre l’intestin et les bactéries qui le colonisent. Il ne s’agit pas d’une simple cohabitation. Le microbiote bénéficie des nutriments apportés et réciproquement il exerce une véritable fonction sur son hôte.
 
Outre son rôle dans le métabolisme intestinal, le microbiote présente également un rôle de défense de l’organisme. Il participe d’une part à la fonction barrière de l’intestin : les "bonnes" bactéries du microbiote intestinal luttent contre les "pathogènes" par compétition pour les mêmes nutriments.
 
Il intervient également en interaction avec le système immunitaire et module celui-ci. L’aliment se présentant dans le tube digestif est reconnu de façon active par le système immunitaire, qui à l’état normal ne produit pas de réponse à ce contact alimentaire.
 
Cet état de non réponse que l’on appelle la tolérance immunitaire est dû à une cascade de réactions impliquant divers acteurs de l’immunité : immunoglobuline A, interleukine Il 10 et lymphocytes Trégulateurs, pour ne citer qu’eux.
 
Liens microbiote-allergie alimentaire
Chez l’homme ce lien a été suspecté au niveau épidémiologique. Ainsi certains facteurs sont connus pour être associés à une tolérance et à un risque plus faible de développer des allergies alimentaires : le fait d’habiter à la campagne, de naître dans un environnement avec des animaux domestiques, d’avoir plusieurs frères et sœurs.
 
D’autres facteurs au contraire sont associés à un risque accru d’allergie alimentaire : naissance par césarienne, prise d’antibiotiques, alimentation pauvre en fibre. Une explication plausible est que l’exposition environnementale à une plus grande variété de microbes ou à un certain type de bactéries pourrait protéger du développement des allergies.
 
Chez l’homme, des études ont démontré les différences de composition microbienne du tube digestif entre les sujets allergiques et les sujets tolérants. C’est surtout la différence de quantité de bactéries à 3 mois qui était corrélée à la survenue ultérieure de sensibilisations alimentaires. La richesse du microbiote à 3 mois en Firmicutes phylum et Clostridia était corrélée à la non persistance d’une allergie au lait avec l’âge.
 
Outre la nature du microbiote intestinal, les fonctions bactériennes sont également une voie d’exploration. Les bactéries du microbiote produisent certains métabolites lors de la fermentation. Les acides gras à chaine courte
 
et notamment le butyrate ont ainsi été associés à une amélioration de la tolérance et une protection contre les allergies alimentaires chez la souris. Chez l’homme, la corrélation entre des anomalies de ces acides gras à chaine courte fécaux a été retrouvée chez les enfants atopiques. Il s’agit de nouveaux axes de recherche, l’étude de ces métabolites étant regroupée sous le nom de métabolomique.
 
Thérapeutiques agissant sur le microbiote dans l’allergie alimentaire.
La période périnatale apparaît déterminante pour l’apparition ultérieure ou non d’une allergie. La vie du nouveau-né est une course entre l’instauration du microbiote par colonisation et la maturation de l’immunité de l’hôte.
 
La phase de transition du microbiote immature du nouveau-né vers une communauté bactérienne variée de type adulte est une étape critique pour l’apparition d’une symbiose ou d’une dysbiose, d’où le concept de fenêtre d’opportunité.
 
C’est dans cette fenêtre d’opportunité qu’apparaît le moment le plus favorable pour tenter des approches interventionnelles ciblant le microbiote comme outil thérapeutique de l’allergie. Ainsi, l’utilisation des probiotiques (micro-organismes vivants selon la définition de l’OMS), administrés en quantité suffisante, ont un effet bénéfique sur la santé de façon générale.
 
Pour l’instant les études portant sur l’administration de probiotiques comme effet préventif ou thérapeutique dans l’allergie alimentaire n’ont pas démontré l’intérêt espéré. Seule une étude est intéressante pour l’utilisation de Lactobacillis Rhamnosis GG dans l’accélération de la guérison de l’allergie aux protéines de lait de vache.
 
Le meilleur séquençage du microbiote et la connaissance plus fine des mécanismes d’action des différentes classes bactériennes qui le composent, permettront certainement, dans un futur proche, de proposer des thérapeutiques intéressantes.
 
L’utilisation de sous-groupe de Clostridium a déjà démontré une efficacité dans le développement de tolérance chez la souris et le Bifidobacterium infantis est en cours d’évaluation pour la prévention de la dermatite atopique et de l’allergie alimentaire.
 
Les probiotiques sont actuellement également en cours d’évaluation pour l’action combinée qu’ils pourraient apporter à certains procédés de désensibilisation. L’immunothérapie orale qui consiste à administrer de petites quantités croissantes d’allergène au patient allergique dans le but de rendre son corps tolérant a fait l’objet de nombreuses publications sur les dernières années.
 
Une étude comparant l’administration combinée de Lactobacillis Rhamnosis GG et d’une immunothérapie orale à l’arachide a montré une amélioration significative de la rémission comparée au groupe placebo. Néanmoins cette étude souffre du manque de comparaison avec la prise d’une immunothérapie seule pour pouvoir affirmer l’effet positif du probiotique.
 
Par ailleurs, d’autres techniques sont à l’étude :
. La transplantation fécale, aussi appelée « greffe fécale », est une technique consistant à introduire les selles d’une personne saine dans le tube digestif d’un patient afin de reconstituer sa flore intestinale et de l’aider à lutter contre sa maladie.
. La transplantation de microbiote vaginal est également en cours d’évaluation avec chez des bébés nés par césarienne, utilisation d’écouvillons et exposition au contenu vaginal de leur mère, afin de leur transférer de « bonnes bactéries ».
 
Source : 14ème Congrès Francophone d'Allergologie